インボイス制度の今後と賢い活用法｜2026年10月改正で何が変わるか

インボイス制度は2023年10月にスタートし、すでに2年以上が経過しました。

「制度に慣れた」という声もありますが、2026年9月末で、これまで小規模事業者を支えてきた負担軽減措置が大きく変わります。

今回は最新の改正内容や実務の現場で起きている問題等を、国税庁の情報も参照しながら整理してみます。

2026年10月の大改正で何が変わるのか

令和8年度税制改正大綱では、当初2026年9月末で廃止予定だった「2割特例」（インボイス負担軽減措置）と、免税事業者からの仕入に対する「8割控除」について、それぞれ縮小しつつ延長する形で改正が決まりました。

2割特例とは、免税事業者がインボイス登録をして課税事業者になった際、消費税の納付額を「売上にかかる消費税額の2割」に減額できる制度です。

「2割特例」は2026年10月から「3割特例」へ引き上げられ、さらに個人事業主に限って2028年9月末まで延長されます。
法人は対象外となるため注意が必要です。

「8割控除」は段階的に縮小されます。

「8割控除」とは、免税事業者などから仕入れをした際、消費税の仕入税額控除を一定期間、計算上の80%まで控除できる経過措置です。

2026年10月から2028年9月末までは70％、2028年10月から2030年9月末までは50％、2030年10月から2031年9月末までは30％、その後完全廃止となります。

加えて、1社の免税事業者からの課税仕入が年間1億円を超える場合、超過部分には経過措置の控除が適用されない「1億円ルール」も新設されました。

制度の最新情報は下記の国税庁の特設サイトでご確認いただけます。イラスト入りでわかりやすく解説されているサイトなのでぜひチェックしてみてください。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice_about.htm
国税庁「インボイス制度について」

取引現場で起きていること

実務面で深刻なのが、発注側（買手）が免税事業者に対し、「課税転換しなければ取引価格を引き下げる」「インボイスを発行しないなら取引を打ち切る」と一方的に通告する事案です。

公正取引委員会はこれらを独占禁止法・取適法（旧下請法）違反のおそれがあるとして注意事例を公表しており、実際に大手企業が注意を受けたケースも複数あります。

https://www.corporate-legal.jp/news/6096
不利益を受けても９７％が申告せず、インボイスと独禁法（企業法務ナビ）

価格交渉は「双方納得のうえでの設定」であれば適法ですが、一方的通告は違法リスクが高いという点を、発注側・受注側ともに押さえておく必要があります。

https://www.jftc.go.jp/invoice/
公正取引委員会「インボイス制度関連コーナー」

インボイスの特例制度を賢く活用する3つの方法

1つ目は、2割特例・簡易課税・本則課税の有利不利を毎年シミュレーションすることです。2割特例は事前手続きなしで申告時に有利選択ができます。

仕入の少ないサービス業・フリーランスは2割特例が有利になりやすく、卸売業（みなし仕入率90％）では簡易課税が有利になることもあります。

この項目の最後に具体例を上げて実際にシュミレーションしてみます。

2つ目は、簡易課税制度選択届出書を念のため事前提出しておくことです。

2割特例の期限後を見据え、届出を出しておけば、特例終了後にスムーズに簡易課税へ移行できます。

届出があっても2割特例との有利選択は引き続き可能です。

3つ目は、BtoC中心の事業者は登録の必要性を再検討することです。

一般消費者を相手にする事業では、相手がインボイスを必要としないため、登録維持か取消かを取引先構成と将来の事業展開で判断します。

2割特例・簡易課税・本則課税の納税額シミュレーション比較表

下記は、年間売上800万円（税抜・消費税10％）の小規模事業者を想定した、事業区分別の納税額シミュレーションです。 同じ売上でも事業区分や仕入比率によって、最も有利な方式が変わります。

業種（事業区分）	主な経費（仕入）	みなし仕入率	2割特例	簡易課税	本則課税	最有利
卸売業 （第1種）	700万円	90％	16万円	8万円	10万円	簡易課税
小売業 （第2種）	500万円	80％	16万円	16万円	30万円	2割特例＝簡易課税
製造業・建設業 （第3種）	400万円	70％	16万円	24万円	40万円	2割特例
飲食業 （第4種）	300万円	60％	16万円	32万円	50万円	2割特例
フリーランス・サービス業 （第5種）	50万円	50％	16万円	40万円	75万円	2割特例

※年間売上800万円（税抜）、消費税率10％、売上消費税80万円として算出。 金額は概算であり、実際の納税額は個別の取引内容により異なります。

表からわかること

仕入の少ないサービス業・フリーランスは、2割特例が圧倒的に有利になります。
本則課税と比べて納税額は5分の1以下に抑えられるケースもあります。

小売業（みなし仕入率80％）は、2割特例と簡易課税が同額になります。
2割特例の期限後を見据え、簡易課税への自然な移行が選択肢になります。

卸売業（みなし仕入率90％）は、簡易課税が最も有利な唯一の業種です。
2割特例にこだわらず、簡易課税を継続的に活用するのが賢明です。

本則課税が有利になるのは、設備投資など多額の課税仕入が発生する年に限られます。 通常年は、小規模事業者にとって本則課税は最も不利な選択肢になりがちです。

計算式（参考）

※注意：2割特例は2026年9月末で原則終了します。 その後は個人事業主のみ「3割特例」として2028年9月末まで延長されますが、法人は対象外です。 2027年以降の納税方式の見直しは、今のうちにシミュレーションしておくことをおすすめいたします。

法制度を逆手に取った先回りの知恵

価格交渉では、受注側（免税事業者）は経過措置の控除割合（2026年10月以降は7割）を根拠に、最大3割を上限とする調整に留めるよう交渉する余地があります。

一方的に消費税相当額の全額を引かれることを避ける重要な交渉軸です。

経過措置の縮小スケジュールはすでに確定しているため、向こう5年間の納税負担推移を中期計画に織り込んでおくことも有効です。

最も重要なのは、2026年10月の改正前に顧問税理士と一度シミュレーションしておくことです。事前に把握しておけば、価格改定や申告方式の変更まで先手を打って対応できます。

まとめ

インボイス制度は今もなお運用が動いている制度です。
「とりあえず登録した」段階から一歩進んで、自社の売上規模・取引先構成・事業区分に応じた戦略を組み立てることが、これからの小規模事業者には欠かせません。

税理士小林ノブヒロ事務所では、インボイス制度の有利・不利判定、簡易課税・2割特例のシミュレーション、取引先との価格交渉術のアドバイスやご相談など、初回60分無料で承っております。

2026年10月の改正前に、一度ご確認されることをおすすめいたします。

投稿者プロフィール

監修者　小林暢浩（税理士小林ノブヒロ事務所　代表税理士）

中小企業の経営者様の「一番身近で頼りになるパートナー」として、税務・会計を軸にしながら「お金に関する様々なお悩み」に幅広く寄り添うサービスを展開。
特に、経営者様が安心して本業に専念できる環境づくりと信頼関係の構築には定評がある。千代田区、文京区、神田地区を中心に地域に密着したサポートを提供している。

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